专利管理机关在受理专利权人或利害关系人提出的制止侵权行为的请求后，经调查认为被控侵权人的侵权行为成立的，可以做出责令侵权行为人停止侵权行为的行政决定。

专利权人和侵权行为人愿意就赔偿损失的数额进行协商的，专利行政管理机关可以进行调解，调解不成的，专利权人可以向人民法院提起民事诉讼。如双方当事人均服从行政决定，没有向人民法院提起诉讼的，专利行政管理机关所作的决定生效。

负有履行义务的一方当事人如不履行义务，权利人一方可以请求有管辖权的人民法院对专利行政管理机关的决定作强制执行。如果专利行政主管机关认定被控涉嫌侵权人的行为不构成侵权的，则行政调处程序就此结束。

专利行政管理机关除有权处理侵犯专利权案件外，还有权处理一下几种与专利有关的纠纷：

（1）对于在发明专利的申请公布后、授予专利权之前使用发明创造未支付适当费用的单位或者个人，在专利权授予后专利权人请求给付使用费的纠纷；

（2）发明人或者设计人于其所属单位对发明创造是否属于职务发明创造以及对职务发明创造是否提出专利申请有争议的纠纷；

（3）对因发明人、设计人的署名问题而引起的纠纷；

（4）对获得专利的职务发明创造在实施后取得经济效益，单位没有给予发明人奖励而引起的纠纷等。

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