审查员收到发明专利申请申请人的答复后，首先会确定继续审查文本。如果申请人仅提交了意见陈述书，则审查文本为前次审查所针对的文本；如果申请人提交了修改文件，审查员会判断修改文件是否针对通知书指出的缺陷进行。

如果符合，则以修改文本为继续审查文本，否则会发出审查意见通知书，说明修改文本不予接受的理由，同时会要求申请人在指定期限内提交符合规定的修改文本。

审查员会对修改文本进行以下方面的审查：修改文本是否超范围，陈述的意见是否可以接受，修改文本是否克服了第一次审查意见通知书指出的缺陷，是否仍存在其他缺陷，必要时会进行补充检索。

如果需要继续与申请人交流，例如检索到新证据、发现新问题等，审查员会发出再次审查意见通知书。再次审查意见通知书包括表格和正文，正文部分包括起始部分、中间评述部分和结论部分，在中间评述部分还包括对申请人答复意见的回应。

继续审查过程中，审查员还可能采用辅助审查手段，如会晤、电话讨论以及现场调查。上述辅助审查手段在第一次审查意见通知书后才能使用，并且申请人之后仍需要提交书面的答复或修改文本。

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