在药物开发的不同阶段，根据研究进展和专利保护策略，专利申请的侧重点往往不同。专利申请策略的基本原则是产品专利的申请应尽量在前期完成，尤其是与化合物相关的专利（化合物盐、酯、异构体、晶型等），以便后期进行全面的药理毒理研究；方法专利和用途专利可在新药研发的后期申请。

在活性新化合物发现阶段，专利申请主要包括化合物专利（通式化合物、具体化合物）；化合物专利为核心专利，是新药专利申请中最具价值的专利；

随着药理毒理学的研究，此阶段专利申请开始建立外围专利，包括晶型专利、活性化合物盐、酯、异构体、水或溶剂化专利等；此时，新化合物的专利池开始形成雏形；

临床阶段，随着临床试验的深入和试验数据的积累，该阶段专利申请常常包括组合物专利，各类剂型专利，工艺专利及用途专利等；

新药成功上市后，为了进一步扩大专利的独占权，延长新药的生命周期，该阶段的专利申请主要集中在新组合物专利、新剂型专利以及新用途专利等。

以上是不同研究阶段常见的专利申请策略。实际专利申请过程常有交叉，如新化合物的工艺专利在临床前研究、临床研究以及上市后均可以申请。

在医药领域中，专利保护策略运用成功与否，直接影响企业的生存和发展。化学药物专利的保护对象通常涉及产品、制备方法和制药用途等，其中化合物产品专利是核心专利。国外大型制药公司通常以核心药物产品技术专利为基础，构建完整的多角度、多层次的专利保护壁垒。拥有一件药物的基本专利往往有可能独占市场，同时，通过外围专利和后续专利的布局可获得市场利益的最大化。国外制药企业成功的专利保护策略值得国内申请人，特别是制药企业研究和学习。

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