虽然两种行政行为的对象都是专利纠纷，但二者存在以下区别。

（1）性质不同。

处理专利侵权纠纷行为属行政裁决，当事人双方不服行政裁决结果，可以向人民法院提起行政诉讼；调解专利纠纷行为属行政调解，不能申请行政复议，也不能提起诉讼。

（2）处理对象不同。

处理专利侵权纠纷的对象是专利侵权民事纠纷；调解专利纠纷的对象包括专利申请权和专利权归属纠纷，发明人、设计人资格纠纷，职务发明创造的发明人、设计人的奖励和报酬纠纷、在发明专利申请公布后专利权授予前使用发明而未支付适当费用的纠纷以及其他专利纠纷。

（3）程序不同。

处理专利侵权纠纷程序依请求启动后，请求人人可以撤销申请，被请求人不能撤销；调解专利纠纷依申请启动后，任何一方拒绝调解或无法达成调解协议，调解即可终止。

（4）处理结果效力不同。

专利侵权纠纷行政裁决具有强制性，当事人不服专利侵权纠纷处理决定，可以向人民法院提起诉讼，期满不起诉又不履行的，管理专利工作的部门可以申请人民法院强制执行；专利纠纷调解的结果不具强制性，当事人不履行调解协议的，可以通过其他途径解决纠纷。

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